Wizという発明的な玩具メーカー（シリーズではダークウィズ社とも呼ばれる）は、レジェンドズと呼ばれる生物の微量DNAを含むクリスタルを発見し、それらを競技ゲームに変える。
少年シュウは野球の試合後、父親から「ソウルフィギュア」と呼ばれるこれらのクリスタルの一つを受け取る。
レジェンドズゲームはすぐに人気を博し、より多くの子どもたちがゲームの世界でプレイし始める。
Wizのエージェントは、ソウルフィギュアが実際のレジェンドズを復活させることができ、単なるミニチュアデジタルアバターではないため、シュウを追い始める。
シュウは障害を乗り越え、勝利を収め、このソウルフィギュアを自分のものにできるだろうか？
