ガンダリアとネアシアの戦乱の地から帰還した後、クウソウ・ダンマと彼の仲間たちは地球での日常生活へと戻る。1年後、バクガン・インタースペースの仮想アリーナはついに異星人の襲撃から回復し、再びバトラーたちが自らを試すために集う避難所として機能している。
しかし、ダンマのバクガン・ピュリウス・ドラゴノイドが戦闘でその力を解放するたびに、インタースペースは新たな混乱に見舞われる。コード・イブ――バクガン母霊が授けた膨大な能力を引き出そうと奮闘するも、彼はメクトガンを内部で抑えることができない。解放されると、謎めいた機械はフィールドに混乱をもたらし、仲間と敵双方を打撃する。
さらに危険が増すのは、バクガン・インタースペースが別の侵入脅威に直面していることだ。密偵は変異したカオス・バクガンをネットワークに注入し、バトラーたちを洗脳して仮想領域を掌握しようとしている。迫り来る対決を予見したダンマは、メクトガンの破壊的エネルギーを抑制する方法を見つけ、再び戦闘者たちを団結させなければならない。
