火星探査機が再突入時に解体されてから数か月後、東京各地で「アンシェンツ」と呼ばれる奇妙な存在が現れた。敵意と致命性を備え、従来の兵器に抵抗する。研究者たちは彼らの突如現れを調査しながら、これらの生物は世界中に混乱をもたらす。
希望はMARSアーマーに現れる――これらの敵を無力化するために設計された最先端兵器。しかし、特定のDNAを持つ者だけが装備できる。過去に悩みを抱える典型的な青年、ヒナタ・タケルは、唯一の防衛装置を操作できる数少ない者の一人として前に立つ。危険なモンスターを討伐するために結成された専任警察部隊AASTの支援を受け、彼は内面的・外的恐怖に直面しつつ、地球の新たな敵の真実を求める。彼らの出現は協力を促し、各国政府はこれらの存在の生物学を理解し対策を開発するために奔走している。タケルの旅は研究チームと交錯し、MARSプログラムの隠された動機を明らかにする。
