日本の19世紀末、ほぼ同一の死が連続して報道される不気味な事件が発生した。奇妙な偶然の中で際立つ事実は、被害者全員が廃墟となった藤桜塔から転落して死亡したという点だ。藤桜塔は都市の上空にそびえる朽ちた構造物である。
無口な少女・龍神紫希は、空き家に住む彼女がこれらの陰惨な事件を超自然的要因だと信じている。紫希は自身の神秘的な能力を駆使し、妖怪やミステリーに精通した人形職人・青崎透子と、彼女の助手である小高ミキヤとともに事件を調査する。
紫希は謎を解明し、都市を覆った奇妙な出来事の裏にある隠された真実を明らかにするため、神秘的な領域へ旅立つ。
