Неприятная цепочка почти идентичных смертей занимает заголовки прессы в конце XIX века Японии. Среди всех странных совпадений один факт выделяется: каждая жертва погибла, падая с заброшенной башни Фудзё, разлагающегося сооружения, нависающего над мегаполисом.
Шики Рёуги — отстранённая девушка, живущая в пустой квартире, считает, что эти мрачные происшествия связаны с сверхъестественным. Вооружённая своим собственным тайным даром, Шики расследует дела вместе с Тоуко Аозаки, детективом-изготовителем кукольных фигурок, специализирующейся на мистических делах, и её спутником Микийой Кокотою, помощником Тоуко.
Шики исследует загадку, путешествуя по таинственному миру, чтобы раскрыть скрытые истины за странным происшествием, окутавшим город.