水中都市の建設プロジェクトでは、天性のダイバーであるマサミチ・ハルと天才科学者クシマ・エイトリが肩を並べて働いていた。海での神秘的な現象を調査している最中、ハルは重傷を負い昏睡状態に陥った。彼は50年後にしか目覚めなかった。夢の中で描かれた未来が現実となった。水中に巨大な人工島都市が育った。人々はサイバーメンタルを埋め込み、メタリアルを通じてコミュニケーションする能力を得た。アンドロイド、人工体、人工感情――多くの新しいものが登場し、日常生活を変えていった。さらに大きなブレイクスルーが待っている：地球全体の気候を制御できるナノメカニズム。科学研究を続けるクシマは、ハルに彼の助けを求めている―今やサイバースペースの海で。半世紀前の悲劇の原因は未だに不明で、メタリアルの真の可能性を解き明かす必要がある。車椅子に固定されたハルは再びダイバーになる。彼を支えるのは、高校生ミナモ・アオイ――泳げない普通の少女だ…
