オダゴ・コイノスケ（Odago Koinosuke）がナノハナ・ジユ（Nanohana Jiyu）を追いかけ、彼女にミリー・アイパッチ（Lovely Eyepatch）を渡そうとしたあの時から、もう一年が経った。コイノスケは亡くなり、ジユにとっては穏やかな学校生活が始まった。ある晴れた日、学校へ向かう途中でジユは手に同じアイパッチを持った奇妙な少年を見つけた。過去を思い出したくないジユは、すぐに学校へ到着し、新しいクラスメートであるヤグユ・フレイシャ（Yagyu Freasha）に出会った。彼女は輝く笑顔、澄んだ青い瞳と、新たに生まれた憧れの集団を持つ少女だった。彼らはすぐに友達になり、フレイシャがジユの家に住むことを決めた。しかし、すべてがフレイシャが純粋なロシア語で言う『Спокойно！』のように静かではないことがわかった。二人が家に入ろうとした瞬間、カタナを持った少年がドアを叩きつけてジユに襲いかかった。状況は出口のないように見えた。ジユはミリー・アイパッチなしでは自分を守れず、そのアイパッチは彼女を世界最高の剣士ヤグユ・ジュベイ（Yagyu Jubei）の転生に変えていた。ジユがそれを思い出すと、まるで地下からオダゴ・アユノスケ（Odago Ayunosuke）、コイノスケの息子が現れ、彼女にアイパッチを渡した。そして今、アユノスケがアイパッチを手にしているのを取り除く試みと並行して、ジユは何度もシベリアン・ヤグユ（Syberian Yagyu）という神秘的なクランや、彼女自身がかつて着用したアイパッチに酷似した眼帯を身につけた極めて強力な忍者少女と対峙しなければならない。
