大規模な崩壊と絶え間ない地震の余波の後、震災に見舞われた日本のほとんどは廃墟となり、自然が土地を取り戻す。世界の権威は排出量を管理し、社会格差と富の不平等を生み出す。日本政府は「プロジェクト・アトラス」を開始し、東京に取って代わる夢のような都市を目指すが、その収容力は住民数を制限する。結果として、多くの人々は都市境界外の荒れた森に定住せざるを得ず、廃墟で残された者として共に囁く。再生された荒野で避難を求め、彼らは耐え続ける。
しかし、どんな不完全な計画でも、抑圧された者やビジョナリーたちの挑戦を引き寄せる。彼らの中には、反逆的な集落の相続人である後藤久子；隠れ神社に閉じ込められた謎多き強力な子供、ミクニ；高度に発達したアトラス独占の戦闘員、草薙久仁人；世界市場を操る経済天才、石田カリン；そしてアトラスを世界覇権へと導く悪意ある鳴瀬涼子がいる。
この反乱者たちの集団が「メタルエイジ」運動に結集し、連帯と協力が残酷な排除を克服し、希望を取り戻すことを証明できるだろうか？
