普通の人間に偽装して、ホムンクルスは世界中を徘徊し、油断した民間人を狙う。
彼らは何世紀も前にヨーロッパの錬金術師によって鍛えられ、黒鋼と呼ばれる武器でしか倒せない。
黒鋼は持ち主の本能に合わせて形作られ、武装錬金（バスオレンキン）と呼ばれる独自の力として現れる。
ある午後、学校から帰る途中で、武藤カズキは無力な少女がホムンクルスに囲まれているのを目撃する。
彼が介入しようとした瞬間、少女はむしろ彼を救い、彼の無垢な想像を打ち砕く。
彼女は自分を塚原徳子と名乗り、カズキはすぐに彼女が誤って黒鋼を自分の中に埋め込んだことに気付く。
今、ホムンクルスとの戦いに巻き込まれたカズキは、かつての無邪気な生活を捨て、愛する人々を守らねばならない。
彼は今、すべての選択が重みを持つことに気づき、賭け金はかつて想像した以上に大きいと悟る。
