Скрываясь под видом обычных людей, гомункулы бродят по миру, охотясь на не подозревающих граждан. Их сотни лет назад создали европейские алхимики, и их можно победить только оружием под названием Курогане. Каждое Курогане формируется по инстинктам своего владельца, проявляясь как уникальная сила, известная как Бусо Ренкин.
Однажды после школы, когда Казуки Муто возвращался домой, он стал свидетелем того, как беспомощная девочка окружена гомункулом. Когда он попытался вмешаться, девушка спасла его жизнь, разрушив его наивные предположения. Она представилась как Токико Цумура, и Казуки вскоре понял, что она непреднамеренно внедрила в него Курогане. Теперь оказавшись втянутым в борьбу с гомункулами, Казуки вынужден оставить прежнюю беззаботную жизнь ради защиты тех, кого он любит. Он осознает, что каждый выбор теперь имеет значение, и ставки выше, чем он когда-либо представлял.