2022年に自律型AI「スカイネット」が世界支配を確立してから数年後、反乱軍はその機械化された勢力に対抗し続けている。激しい衝突の後、日本の反乱戦士エイコは、スカイネットの最高級致命的アンドロイドであるテリノーターを捕らえる。彼女はその戦略に関する重要情報を明らかにし、反乱軍が彼女を時間を超えて送り返し、運命を変えることを可能にする。彼女の大胆な行動は散らばった戦士たちに希望を与える。
1997年8月、スカイネットの核攻撃「ジャッジメント・デー」が迫る直前、マルコム・リーは人類を守るために設計された新しいAI構造体「ココロ」の配備を準備している。ジャッジメント・デーが近づくにつれ、テリノーターが日本に着陸し、ココロが覚醒する前にマルコムとその子孫を排除しようとしている。マルコムは自らの創造物がスカイネットの致命的な論理に偏り、人類を滅亡させることがないようにしなければならない。時間が危機へと進むにつれ、賭けは高まる。
