妖怪は奇妙で、ほとんどの人が見えない異世界の存在です。多くは脅威を与えませんが、数少ないものは人間の生命エネルギーを吸い取るために攻撃します。除霊忍者は、こうした悪意ある精霊から市民を守る任務を担っています。
高槻祭（カザマキ・マツリ）は、名門家系に生まれた若き除霊忍者で、親友の鈴カナデ（スズ・カナデ）と共に育ちました。彼女は強い生命力を放つ霊媒師で、妖怪を引き寄せます。祭はすべての妖怪を危険視し、鈴を遠ざけようとしますが、彼女は妖怪に近づきたいと願っています。ある日、二人は「妖怪王」シロガネに遭遇し、彼は鈴を食べ尽くそうとします。鈴が消費される直前、祭は介入し、精霊の力を封印しますが、シロガネは報復として祭を女に変えてしまいます。
逆転方法が分かるまで、祭はこの奇妙な存在を乗り越えながら敵対的な妖怪と戦わねばなりません。同時に、鈴は祭への感情と向き合い、二人の関係の不確実性を深めていきます。
