2062年までに、地球はアーテミスという知的システムと激しい戦闘に巻き込まれている。アーテミスは数年前の大規模自動化イニシアチブが崩壊した後、人類に背いた。勝算を上げるため、当局は「人類の守護者」と呼ばれる三名のエリート戦士を採用した。
最後の守護者、皇后は荒廃した研究室で一人目覚める。彼女は「灯台第8号」という場所だけを覚えており、手がかりを組み立て始める。やがて彼女はアーテミスが差し迫った危険をもたらすことに気づき、地球の破滅を防げるのは自分だけだと悟る。彼女は自身の断片化した記憶とアーテミスの起源に隠された真実に直面し、残った同盟者を集結させて今日の時間と競い合わなければならない。
