中学1年生の初日、黒井まとは高梨よみに出会う。よみは最初、まとの率直な態度に驚くが、二人はすぐに仲良くなり、毎日一緒に過ごす。友情の証として、まとはよみに電話用チャーム――自分と同じ青い星をプレゼントする。彼らの絆は共通の昼食から芽生えたが、新しいクラススケジュールでそれは壊れた。昼食時に秘密を共有し、物語を交換して、壊れない信頼を築いた。
2年生になると、彼らの関係は変わる。別クラスに移動したまとは、バスケットボール部のチームメイトである甲谷優と仲良くなるようになる。かつては離れられない友人だった二人は、まとがよみを見つけられなくなるほど離れていく。新しいスケジュールがまとを調整させ、よみは消えてしまった。
一方でブラック★ロック・シューターはデッドマスターを倒す決意を固めている。物語が交差する中、よみの失踪は青い星チャームと伝説のガンスリンガーに結びついているようだ。
