『恋するアステロイド』の最初の6話では、謎めいた高校生・星野優斗(ほしのゆうと)が、並行世界を覗ける不思議なクリスタルを発見する。新たに得た力と向き合いながら、優斗はアステロイドから来たエイリアン少女リコと出会う。リコは地球に伝説のアーティファクトを求めてやってきた。最初は衝突するが、クリスタルが「アステロイドキング」と呼ばれる強大な存在と結びついていることに気づき、両世界をエネルギーへの飽くなき欲求で脅かすことから、二人は不安定ながらも同盟を結ぶ。
優斗とリコが廃墟の遊園地から浮かぶ島まで、シュールな風景を巡る中で、クリスタルの起源とアステロイドの歴史に関する手がかりを掘り起こす。途中、優斗は自分の恐怖や不安と向き合い、徐々にリコを信頼しクリスタルの力を使いこなすようになる。一方、影の組織が彼らを追跡し始め、アーティファクトを自分たちの邪悪な目的に利用しようとする。
第6話までに、優斗とリコは脆い絆を築き、アステロイドキングの存在が否定できなくなることで緊張は高まる。二人は自分たちの世界を守るか、クリスタルの力に飲み込まれるかを決断しなければならず、シリーズ全体を駆動する対立の舞台が整う。