2016年、人類の柱そのものが魔王ソロモンによって焼き尽くされた。未来を守ることに専念する密かな魔術師ギルド、カルデアは2015年に人類の滅亡を予測した。結果として、オペレーション・グランドオーダーは空間と時間に散らばった聖杯が生み出したタイムラインの亀裂を修復し始めた。
レイズシフトクロノ技術を駆使して、カルデアの最終マスター・藤丸リツカと彼の半人半魔サーヴァント・マシュ・キリエライトはすでに6つの時間異常を閉じた。彼らは今、最も危険な任務へと向かう：神々の時代、紀元前2655年頃のメソポタミア文明。そこで彼らは村や町を襲う悪魔的獣に遭遇する。混乱の中、ウルクという要塞都市が人類最後の砦として立っている。その防衛はヒーローキングギルガメッシュによって率いられ、彼は英雄霊を呼び寄せ、魔術師のマントを身にまとい領土を守る。
ギルガメッシュと召喚されたサーヴァントたちとともに、リツカとマシュはウルクを獣の襲撃から守り、人類を滅ぼそうとする三女神同盟を討ち倒さなければならない。さらに、より深い脅威が都市上空で覚醒しようとしている。
