Фильм изображает столкновение между Железным человеком и зловещим Эзекиелом Стейном, который создает передовые биотехнологии, которые, по-видимому, превосходят костюм Железного человека. После террористической атаки, организованной Стейном, и обвинения Тони Старка Железный человек должен уклоняться от преследования S.H.I.E.L.D. в разгар кризиса, доказывая свою невиновность и восстанавливая репутацию.