После годового перерыва Шинпачи Симура возвращается в Эдо, но сталкивается с поразительным поворотом: его товарищи Гинтоки и Кагура превратились в совершенно новых персонажей! Озадаченный, он убегает от базы Йорозуя и обнаруживает, что каждый житель Эдо был преобразован как внешне, так и по характеру до невообразимого уровня. Удивительно, но его сестра Отаэ теперь замужем за командиром Шинсэнгумі и смелым преследователем Исао Кондоу, и она ожидает их первого ребёнка.
Смущённый, но вынужденный, Шинпачи присоединяется к Шинсэнгумі по настоянию Отаэ и Кондоу, только чтобы стать свидетелем дальнейших запутывающих изменений внутри организации и за её пределами. Однако он узнаёт, что заместитель капитана Тосиро Хидзиката остаётся неизменным, и это побуждает его и этого незаурядного союзника попытаться восстановить Эдо в прежнем виде.
С ещё более смелым юмором, сатирическими пародиями и явными намёками Gintama продолжает следить за командой Йорозуя через дальнейшие приключения в шумных, инообразных улицах Эдо, где история встречается с хаосом в сюрреалистическом ритме для отважных душ.