После того как Альтанская армия освобождения отступила из района Кабуки, конфликт казался ослабевшим. Тем не менее, пока Онивабан, Синсэнгюми и жители города сражаются с солдатами, изобретатель Эдо Гэнгаи Хирага арестован. Он заставил врага отступить, отключив их вооружение, и его нано‑машинный вирус теперь сталкивается с деактивацией.
В то же время планетоуничтожающий лазер питает флагман Армии Освобождения в орбите Земли. Стычка разгорается, когда Шинсуке Такасуги и Кихэйтай высаживаются на борту, чтобы остановить его. Став перед двойным фронтом, Ёрозуя и союзники должны одержать победу с обеих сторон, чтобы защитить Эдо.
В тени силы планируют захватить контроль над нано‑машинным вирусом и орбитальным лазером, в то время как лоялисты объединяются, чтобы защитить наследие Эдо. Ёрозуя должен ориентироваться в альянсах, использовать уловки и мобилизовать ресурсы, чтобы обмануть врага с обоих фронтов ради победы.