В 2004 году начинается хаос, когда странный амфибий‑подобный инопланетный вид начинает освещать небо НЛО — по крайней мере, так воображает 12‑летний Фуйуки Хината. В то же время сержант Кероро, командир отряда разведки, готовящегося к вторжению Кероний на Пекопон (инопланетное название Земли), начинает операцию, проникая в дом Фуйуки. После того как он подавил мальчика и его сестру, Кероро намерен собрать свою команду и вернуться к материнскому кораблю, чтобы отремонтировать свой важный инструмент вторжения — Kero Ball. Но ему сообщают, что штаб отказался от спасения его команды, поскольку беспрецедентный кризис заставил остальных Кероний отступить.
Таким образом, Кероро вынужден остаться в доме Хината вместе с надеждой и мечтателем Фуйуки; его спортивной, раздражительной сестрой Нацуми; и их старательной, привлекательной матерью Аки. Пойманный до дальнейших указаний, Кероро и его отряд проводят каждый день, разрабатывая планы глобального завоевания, но сталкиваются с непредвиденными препятствиями. Однако, живя вместе с людьми, они учатся рассматривать их как друзей и союзников, создавая юмористические, но искренние связи, которые обогащают их существование на Земле.