Фестиваль Дайхасей начался, и естественно это сигнализирует о том, что Токидайская средняя школа — известное всем девичье учебное заведение — тоже вступает в соревнование. Хотя Микото Мисака, прозванная "Ацем Токидай", участвует в конкурсе, её одноклассники настойчиво прилагают все усилия к победе, независимо от того, насколько устрашающим кажется вызов перед её огромной мощью. Однако событие не ограничивается только празднованием. Благодаря фестивалю Академический город становится доступным снаружи, что побуждает несколько групп разрабатывать планы по проникновению через его границы. Мисака, кажется, привлекла их внимание, и по мере того как празднования продолжаются, появляются теневые фигуры. "Торау Кагаку но Рейлгун Т" вновь вводит Аца Токидай вместе со своими спутниками, когда они погружаются глубже в зловещую подземную часть Академического города. От террористических нападений до жестоких скрытных операций — любой сценарий возможен в этом мегаполисе. Ставки высоки, и тайна разворачивается по мере столкновения союзников и врагов.
