Тома Камидзё не находит покоя. После вторжения Академического города дипломатическое напряжение усиливается, поскольку научные и колдовские лагеря вступают в прямое столкновение. Распространяются слухи о том, что Академический город планирует вести войну против Римско‑католической церкви, что разожгло бы глобальный конфликт. Тома быстро возвращается на поле боя, решительно намереваясь защитить своих товарищей, союзников и друзей, пока мир балансирует на грани. Toaru Majutsu no Index III отмечает завершающий раздел оригинальной саги, где Тома, Акселератор и настоящий уровень 0 Шиага Хамазура следуют разным путям к кульминации начального повествования световой новеллы, их судьбы переплетаются в финальной решающей схватке.
