大破星祭が始まり、自然とそれは有名な女子校・徳川台中学校も大会に参加することを示しています。『徳川台エース』と呼ばれる御坂美琴が混じっているものの、彼女のクラスメートはその圧倒的な力に対してどんなに困難であっても、勝利を掴むために全力を尽くし続けます。しかし、このイベントは単なるお祝いだけではありません。祭りのためにアカデミーシティが外部からアクセス可能になり、複数のグループがその境界を突破する計画を立て始めます。美琴は彼らの注目を集めたようで、祭りが続くにつれて影のある人物が姿を現し始めます。『とある科学の超電磁砲T』は、彼女の仲間たちとともに徳川台エースを再登場させ、アカデミーシティの陰険な裏側へと深く突き進みます。恐怖攻撃から残忍な秘密作戦まで、あらゆるシナリオがこの都市で想像可能です。賭けは高く、謎は味方と敵が衝突する中で展開していきます。
