科学と魔法が交差する代替世界の南日本に、まだ奇跡的な都市が存在し、その中でトマ・カミドジョが暮らしている。彼は世界を救ったが、記憶を失ってしまった。しかし、彼は自分の英雄的行為や夏休みの課題を忘れるかもしれないが、白い服を着た騒々しい存在が彼の控えめなアパートに住み着いたことを決して忘れない。当然、インデックスは再びトマを禁書やイギリスの騎士、ローマのカトリック教徒、日本の陰謀家が登場する物語へと引き込む。そして私たちは前シーズンの旧知の人物に再会する。一方、トマは永遠の不運を呪いながら、アカデミゴルドの郊外でキリスト教の魔法使いが地元のエクメニズムと衝突し、ミサカとアクセレータは自分の感情を整理できず、イギリスから密かにやって来た大主教ローラは日本の銭湯に行きたいと夢見ている。新たな戦いが迫り、地元の秘密結社エスペールが動き出し、アカデミーの科学者たちも道徳に縛られず新しい実験を予感している。そして、シリーズの新鮮な視点だけが、主人公たちの冒険が『新創造』という大きな絵の一部に過ぎないことを理解させ、アカデミーの創設者たちの中には世界観そのものを揺るがせようとした者もいることを示してくれる。
