風祭は、緑が増え続ける現代の繁栄する大都市であり、その深い日本文化を誇りにしています。この街には、集団的な理想をほとんど知らない高校生・天王寺 小太郎が暮らしています。誇り高く好奇心旺盛な青年は、日々ポケットに些細なものを詰め込み、自称悪党の春彦をからかい、風変わりなコトリに片思いしています。
小太郎は、自分の体のどこでも永続的に強さや速度を高める超自然的な才能を持っており、自然とオカルトへ惹かれます。偶然出会った唯一のメンバーでありオカルト研究部「ウィッチ」の会長・千里 茜が、小太郎に部を復活させる決意を促します。彼はコトリと、ぎこちない転校生千早、厳格なクラス委員リウシア、そして控えめな静流という3人の新メンバーを集めます。小太郎は、共同で冒険する中で各メンバーの隠された謎を解き明かし、やがて自分だけが書き換えられる運命に直面します。
