佐賀 素作中尉は、貴重な戦闘資産である千代田 かなめを危険から守るため、神代高校に戻ってきた。しかし、彼の社交的な才能の欠如と日常経験の不足がユーモラスでありながら危険な状況を生み出し、かなめが望む静かな学校生活を脅かす。佐賀は実際に存在する脅威も想像上のものも問わず、様々な兵器をキャンパスに持ち込むことでそれらを無力化しようとする一方、かなめは生徒会副会長としての責務や学校行事をこなすために彼を抑えつつ奮闘する。任務の成功を保証するため、佐賀は時折人気遊園地マスコット「ボンタくん」の衣装を着用することを余儀なくされる。彼の技術知識を活かし、やがてその生き生きとしたコスチュームを最先端のエクソスーツへと変換するが、唯一欠点は音声翻訳モジュールが「もふ」しか発話できないことである。『Full Metal Panic? Fumoffu』は、かなめと佐賀が日常の学校生活やルーティンを楽しもうと奮闘しながら、彼らが無意識に引き起こす混乱の中で成長していく姿を描いている。
