犯罪活動の急増に直面し、日本は東京武闘高校を設立した。この校では銃を携える探偵―「武闘」と呼ばれる者が、法の守護者として傭兵的な存在になることを目指し、致命的な技術を磨く専属校である。本校は脅威を迅速かつ決定的に排除できるエリートオペレーターを育成することを目的としている。その生徒の中に、かつて攻撃部隊の戦闘重視クラスで訓練を受けた、引っ込み思案で率直な二年生・遠山金次がいる。金次は現在、リラックスした日常を楽しみながら物流学を勉強し、自身の凄腕だがぎこちない特殊能力を隠している。しかし、悪名高い「武闘キラー」に狙われた瞬間に彼の穏やかな日々は突如として終わり、最高位の天才である荒々しく口が悪いカンザキ アリア・ホールズと出会う。彼女は金次を救い、彼の真価を目撃した後、パートナーとして加入するよう強く求める。二人のパートナーシップは、強力な組み合わせの登場を示す。
