ミスリルは、最先端技術を駆使してテロ対策に従事する秘密の防衛機関であり、極秘任務のためにエリート部隊を派遣する。指揮官メリーサ・マオの下、軍曹佐助・砂場とクルツ・ウェーバーは、革命的な科学洞察を無意識に持ち、「囁き」と呼ばれる少女カナメ・チドリを、情報機関や彼女の才能を狙う対立派閥から密かに保護する任務を担う。このミッションは絶対的な秘密と正確な調整が求められる。
クルツとメリーサは遠隔支援を行い、佐助はカナメの高校に同級生として潜入し、彼女を密かに監視する。しかし、軍事的背景と不器用な社交スキルが民間生活を困難にし、不要な注目を集め、カナメの不信感を引き起こすことが多い。真摯な努力にもかかわらず、テロ攻撃が佐助の任務を複雑にする。攻撃の無慈悲な黒幕を特定し、彼は命令に逆らってカナメを守るために全力を尽くす。
