隠れた魅惑の世界・幻想郷で、巫女博麗霊夢は妖怪と呼ばれる伝説の存在が関わる超自然的な出来事をできるだけ稀に保つよう、常に努めている。神社の風習の一環として彼女は毎年夏至祭を開催し、普通の人間から最強の妖怪まで多様な参加者を迎えている。しかし、祭りの朝に神社の献金箱が突然消えてしまう。さらに盗難の痕跡はまったく見当たらないようだ。霊夢と仲間の魔理沙・桜井、そしてジャーナリストの阿弥・写面が調査を進めると、他にも人々の所持品が失われていることが判明する。手掛かりを掘り下げるたびに、三人はこの事件が単なる盗難を超えたものであることに気づく――レミリア・スカーレットの霧や幽々子・斎宮寺の妖怪桜と同等の異常だ。通常揺るがない神社の守護石さえ、今日一日不安な静寂に震えている。
