真の時代第71年、人類は宇宙へと成功裏に進出し、自律的な銀河植民地の居住を始めた。惑星は二つの支配勢力、アトランティックリム連合国（ARUS）とドルシア軍事同盟連邦に分かれ、両者は地球と宇宙で対立を続けている。この闘争の中、第三勢力――日本とオセアニアン共和国諸島（JIOR）は平和を保ち、経済的に繁栄しながら敵対する隣国の間で中立を維持している。
『革命教ヴァルヴレイヴ』の物語は、JIOR の軌道上にある前哨基地で展開する。17歳の徳島遥人（はると）の静かな日常は、ドルシア艦隊が中立植民地を侵攻したことで破綻する。彼らの目的は、遥人が所属する学園・咲守（さきもり）に隠された、噂だけが残る強力なメカ「ヴァルヴレイヴ」を捕らえることである。混乱の中、遥人はその一機を発見し、友人たちへの危険に直面して乗り込む。彼はその力を得る代償として自身の人間性を失う契約を結ぶ。逃れがたいドルシア諜報員で天才戦術家のL‑elf が彼を支え、遥人とヴァルヴレイヴは世界を解放するための反乱を起こす。
