深夜に兄と話した後、高校生の美奈瀬有紗は翌朝、見知らぬ世界で目覚める。彼女は「アリス」と呼ばれ、ライトとシャドウという兄弟のペアに歓迎される。彼らはアリスの到着を歓声で迎えるが、有紗は自分が彼らが指すアリスではないと主張する。だが、奇妙な住人たちはそれに反論し続ける。
やがて彼女は優しく謎めいた黒いウサギに出会い、出口の見えない「ワンダーランド」に閉じ込められていることを知る。奇妙な存在に慣れ始めた有紗は、愛らしいチェシャ猫や怠惰なドーマウスであるラウンドなど、さまざまな奇妙な生き物に出会う。
しかしワンダーランドにはさらに深い謎が潜んでいる。今彼女と暮らす風変わりな仲間たちは、かつての人生から誰かを思い出させるが、彼らは真名や絆を覚えていない。さらに不可解なのは、ワンダーランドの時間が凍結しているように見え、毎日が前の日と同じであることだ。サイクルは終わりのないように思える—黒いウサギが隠す何らかの秘密を除けば。
ウサギの警告は廊下に響き渡り、有紗は記憶が消された理由を突き止める緊急性を感じる。毎日、彼女は手がかりを探し、真実がループを打破し世界へ戻る道を開くことを願う。
