高校三年生のトキドキ・リクゴは、人生であまり頑張らない。彼の名前が聞こえると「なんとかなる」という意味になるからだ。豊かな想像力は彼の勉強を妨げる――ファンタジーを思い描く方が、暗記するよりずっと楽しい。結果として、歴史のテストで破格に低い点数を取った罰として、トキは江戸時代のバーチャルミュージアムへ行き、詳細なレポートを書かなければならない。ミュージアムでトキは、コンピュータシミュレーションの完璧さや装飾、俳優たちの演技に魅了されながら、同じく不幸な仲間であるコン・シモネと出会う。彼は学校で喧嘩好きで悪名高い人物だ。言葉を重ねるうちに、トキは驚くことなく、欠席者の友人が将軍時代についてそんなに知っている理由を理解する。コンは消え、そしてトキ自身に伝説の獣ヌエが、オムメジの衣装をまとったセドクとともに襲いかかる。彼が消えてしまうところだったのは、どこからともなく現れた剣を持つ少女がいなければ――。トキが意識を取り戻すと、彼は本当に三百年前の日本にいることが判明し、コンは彼より二年早くそこへ来ていた。奇妙な江戸時代――周囲にはモンスターや魔法使いがいて、左目をヌエに損傷されたトキも何かがおかしい。これは夢なのか、幻想なのか、平行世界なのか、それとも「本当の日本史」なのか？誰が責任者で、何をすべきか？今やトキドキは、自分の名前「時間の鳥」の真意を思い出しながら、これらの問いに答えを探さなければならない…
