バルズバーグ帝国の軍事学院は、領土に勝利をもたらすエリート戦士を鍛えることで有名です。
学院の生徒たちは戦闘でザイフォンと呼ばれる力を使い、ザイフォンの具体的な形は各兵士の性格によって決まります。
その中に、偉大なる未来を約束された優秀な訓練生テイト・クラインがいます。
彼は「スレイブ」（ドイツ語で奴隷を意味する）と嘲笑され、出身地の記憶もなくても、同級生ミカゲに友人を見つけます。
最終評価に備える中で、テイトは自分自身の過去についての厳しい真実に気づきます。
彼の父を殺害した高官アヤナミに対する暗殺計画が失敗し、テイトは拘束され懲戒処分を受けます。
彼が成功することを望むミカゲは、テイトの脱走を手助けします。
テイトはその後、第七地区教会に避難し、司教たちが彼を歓迎します。
そこで彼はアヤナミと軍の手をかけることをかわし、記憶を取り戻し、世界の運命を変える力を持つ理由を明らかにしようと努力します。
