サンダーバードズ 2086は、オリジナルシリーズの約20年後を舞台にしています。オリジナルは通常2065年頃とされますが、画面上には他の日付も表示されています。物語は国際救助組織（International Rescue Organisation）に雇われたレスキュー隊、サンダーバードズの活躍を追います。オリジナルの国際救助は小規模で家族中心でしたが、2086年のIROは多くの支部を持つ広大な機関で、連邦（Federation）という国際連合に相当する組織の監督下にあります。二つのシリーズ間に明示的な歴史的リンクは示されていませんが、オリジナルの国際救助が数十年で2086年版に変貌した可能性は高いと考えられます。トレイシー家はアニメシリーズには登場しません。このバージョンでは、グループ自体がサンダーバードズと呼ばれます。オリジナルではその用語は車両にのみ適用されていました。アニメシリーズは前作を大きく模倣しており、ほとんどのエピソードはサンダーバードズが調査し解決すべき自然災害や人為的災害を中心に展開します。以前のシリーズとは異なり、2086年版ではシャドウ・アクシスという分裂した独立運動が継続的に描かれ、神秘的なスター・クラッシャーが指揮しています。IROの構造は地域司令センターと専門タスクフォースを含み、各々が異なる種類の緊急事態に専念しています。シャドウ・アクシスのプロットは政治的陰謀を加え、サンダーバードズが自然脅威と人間の陰謀の両方に直面するようになります。シリーズはまた、スター・クラッシャーの動機が地上政治ではなく宇宙的な議題に駆られていることを示唆しています。
