昔、皇帝の死が引き金となり、アトランティアを荒廃させた暴動と内戦が勃発した。若き君主ヤイバが即位すると、かつて平和だった時代を取り戻すために裏切り者の反乱軍が容赦なく排除された。しかし、この残酷な粛清はアトランティアを永遠に抑圧的な雰囲気に包み込み、国全体を覆う影となった。
剣立和は田舎で育ち、両親の記憶が曖昧なエネルギッシュな十代生徒だ。ある日、家で偶然手に取った刃が「バトルスピリッツカード」に変わることを発見する。アトランティアの軍隊がそのカードを奪うために彼に迫る中、立和の隠された過去の断片が徐々に明らかになっていく。
「ブリンガー」という仲間と共に首都へ向かい、剣を振るう戦士たちに出会う。カードを巡って勢力が争い、立和はアトランティアを裂く危険な欺瞞の網を抜けていかなければならない。謎が解き明かされるにつれ、立和は自分の信じていたすべて――善と悪を分ける判断や線――に疑問を投げかけざるを得ない。
