冒険好きな6年生のトッパ・バシンは、カードゲーム『Battle Spirits』に没頭している。消えた父から受け継いだルビーのアミュレットを携えて、バシンは授業よりも対戦のために毎日学校へ急ぐ。クラスメートはそれをうんざりしている。
ある午後、彼は同じペンダントを身につけた天才的な『Battle Spirits』チャンピオンJに出会う。魅了されたバシンは、Jを対戦へ招待する。通常の試合ではなく、二人は異世界空中アリーナ「イセカイワールド」に連れ去られ、カードから生まれるスピリットが現実化する。
志望がついに手の届くところにあると感じ、バシンはこの異世界へ飛び込み、驚くべきペンダントを持つ対戦相手と対峙する。頂点へ向かうにつれ、彼は『Battle Spirits』が初めに想像した以上の奥深さを持つことを徐々に悟る。
