『ソウルイーター・ノット！』は、オリジナルの『ソウルイーター』タイムラインより1年前に設定されたスピンオフおよびサイドストーリーとして展開されます。
デスウェポン・マイスターアカデミーでは、武器になる能力を持つ者とそのような武器を操ることができる者（マイスター）たちが、天性の才能を磨くために訓練します。
メインシリーズの主人公たちは、特別優遇才能部門に所属し、無実の命や地球さえ脅かす危険を討つことのできる正義の守護者になるために訓練します。
DWMAの他の生徒たちは、比較的控えめな能力を持っています。
通常克服対象コホートに属する者は、正義の戦士になることよりも、自身や他者への被害を防ぐために自らの力を習得することに重点を置きます。
新たなハルバード変換者、春鳥 絶（はるどり つぐみ）はマイスターのメメ・タタネとアニャ・ヘプバーンに出会い、どちらが彼女のパートナーになるべきかで葛藤します。
彼らは友情、ライバル関係、そして学園を脅かす隠れた脅威を乗り越えていきます。
彼らの旅は、後にDWMAの遺産を形作る伝説の根源を明らかにし、能力を駆使し学園生活に馴染むにつれて、日常が決して普通ではないことを示します。
