マコ、ミコ、そしてムツコは奇妙な物語と囁かれる噂に包まれた学校・セント・クレア小学校を巡る好奇心旺盛な三人の少女です。彼女たちは突然、実物大の人体解剖模型「クンストリック」と不気味な骨格人物「ゴス」に出会います。二人とも科学棟に留まっており、その部屋は新しい建設のために間もなく解体される予定です。三人がそれらを破壊したことに対して復讐を求めるクンストリックは、少女たちを学校の真夜中に集会へ誘い、恐怖と幽霊で彼女たちを脅そうとします。五人は、願いを叶えることができる三つの伝説的なメダルを集め、科学棟を救う可能性がある大胆な冒険に出ます。彼らの旅は幽霊の通路、謎めいたなぞなぞ、そして勇気を試す幽霊の挑戦を通じて織り成されます。
