進化は続いている！ホモ・サピエンスの中で、徐々に特殊な能力を持つ新しい種族が現れ始めている。ある者は自然の力を操り、信じられないほどの力と速度を手に入れ、他の者は思考を読むか壁を通り抜ける。恐怖、好奇心、不承認、攻撃性――それが一般人の反応であり、彼らの存在が公衆にとって秘密ではなくなった人々へのものだ。権力を持つ者は変異体を支配しようとするが、いくつかの変異体は「次の段階」であると公然と主張し、「人間」を統治するために団結すべきだと言う。ほんの少数の才能ある者だけが権力や個人的利益ではなく、新しい世界で調和を求め、人々と自分たちに手助けすることに専念している。彼らの呼び名は単純だ――「X‑MEN」。数多くの戦い、偉大な勝利と苦い敗北を経て、プロフェッサー・ザビエのグループは散ってしまった。しかし、また一つの不安な信号が（当然！）日本から届き、簡単な調査で問題は個々の人物ではなく世界の運命に危機をもたらすことが明らかになった。つまり、サイクロプス、ストーム、ワイルド・ウルフ、そしてローグにとっては再びX‑Planeに乗り込み、最も必要としている東北地方の島々へ飛び立つ時だ。若い変異体ヒサコが失踪した背後には、より恐ろしい陰謀の根源が見え隠れしている。しかし、成功を疑う者は誰だ？日本はまだ西洋のスーパーヒーローたちによるこのような侵攻を見たことがない！
