カネノネ学園は、農村部に位置する男子のみの寄宿学校です。単一性別校は一般的ですが、数マイル先に女子がいないと生活が困難になることがあります。全員の精神的健康を支えるため、学園は最寄りの女子のみの寄宿学校と合併し、男女共学キャンパスへ転換することを決定しました。カネノネの男子生徒たちはこのアイデアに大喜びし、入学予定の女子学生は男子が増えることで学校生活がどう変わるかを疑問に思っています。具体的な計画が確定する前に、女子学生は試験として1か月間カネノネに滞在するよう招待されました。
『グリーン・グリーン』シリーズは、タカザキ ユウスケと彼のいたずら好きなルームメイト、バカ（愚か者）トリオが、恥ずかしさを感じることなく女子と会話できる様子を描いています。しかし、新しい女子クラスが乗り込むバスが到着すると、すべてが奇妙で興奮し騒々しくなります。特に、チトセ ミドリという女子がバスから飛び降り、すぐに戸惑ったユウスケを抱きしめます。彼は自然と女性に魅力的なのか、まだ知らない共有の過去があるのでしょうか。今後数ヶ月は、彼らの適応力、友情、そして伝統と変化の脆弱なバランスを試すことになるでしょう。男子と女子が共通の授業、スポーツ、予期せぬ友情を経験しながら緊張が高まりますが、合併がすべての人に成長をもたらすことへの希望は残っています。
