ある日、キサラギ・ハニーは活気あふれる町でファッショナブルで反抗的なカトリック高校生だった。翌日、彼女の父親は悪名高いシンジケート「パンサー・クロウ」の邪悪なディバたちに殺害される。彼の死の言葉で、彼女がアンドロイドだと明らかになる。ハニーはパンサー・クロウが復讐のために欲しがっていた「大気要素固化装置」の変容力を利用し、組織を解体するために秘密裏に活動しているグループに対抗する。ハニーはパンサー・クロウの階層を上り詰め、暴君であるシスター・ジルを倒し、学校の校長ミス・ヒストラーの鋭い視線を逃れることができるだろうか？報道関係者の早見聖司、彼の忍者父親、そしてフラートする小学生兄弟の助けを借りて、ハニーはスピードスター・レーサー、華麗なモデル、さらには路上乞食として役割を切り替えるが、本当の姿は愛と戦いのチャンピオン「キューティーハニー」であり、クラスメートと街を守り続ける。
