幼い頃に母親の死を目撃した後、神畑浦友は神々への憧れを失い、彼らへの信仰を完全なる不条理とみなし、神の介入を望む希望も捨てた。この信念から彼は医師になることを計画し、京都大学の名門医学部への入学準備にほとんどの日を費やす。学びを進めるため、混沌とした養護施設から離れた静かな隠れ家を求め、癒しと知識の未来を追い求める。雨上がみ神社の大祭司・千鳥は、彼に神社の住居で暮らす許可を与えた。しかし、浦友は千鳥の三人の孫娘・矢絵、優奈、朝日と共に住まなければならない。さらに千鳥は条件を課した：神社の継続と指導権を引き継ぐため、彼は姉妹の一人と結婚しなければならない。しかし、浦友の野望と世界観は姉妹たちの信念と衝突し、この困難な取り決めは到底実現不可能に見える。
