壊滅的な戦争で日本が破滅寸前に追い込まれた半世紀後、サウンドヘルス・エバーラスティング・ロングライフ（SHELL）という統一システムが新秩序の礎となった。技術的ナノマシンと高度医療の先駆的研究のおかげで、市民は病気のない生活を享受できるが、彼らは毎日厳格に19時間働くことを求められ、その対価として交換される。さらに、SHELLとの接続を切断すると「ヒューマン・ロスト」と呼ばれる稀な事象が発生し、人々はモンスター――ロストに変貌し、除去されなければ社会は永遠に崩壊する。ネットワークは、かつての戦争産業と科学機関の連合によって資金提供され、埋め込みチップを通じて健康指標を監視し、遵守を強制する。市民はそれを祝福とみなす。
この無痛社会では反社会的傾向が増大する。工場労働者のタケイチは厳しい労働条件への抗議として内務省を襲撃する計画を立て、隠遁的な画家オウバ・ユウゾウを説得して同行させる。彼らの自己破壊的計画は崩れ、タケイチは身体を粉砕されロストへと変わり、ユウゾウも直ちに同じ運命をたどる。
その後の衝突で、派遣員ヒイラギ・ヨシコはロストを探すスキルを駆使し、ユウゾウが人間形態に戻る稀な能力を持っていることを発見する。ロストユニット化後の第三の生存者として、ユウゾウはヒイラギと協力し、文明再生の脆弱な希望を脅かす最近増加したヒューマン・ロスト事件の調査に乗り出す。
