私たちが知っていると思う世界は、物語の半分にすぎません。夏のある突然の夜明けに、中瀬武史はその真実を知ります。剣道の練習に向かう途中、彼は見慣れない制服を着た倒れている少女に出くわします。親切に行動し、彼は彼女を救います；彼女が目覚めると、偶然にも武史に魔法の力を授けてしまいます。彼は、自分の日常世界の隣に魔法使いの領域があることを知ります。ほとんどの術者は非魔法使いとの調和ある共存を求めますが、いくつかはもっと大きな計画を抱えています。梅愛葉は「すばる魔法学院」に通い、そこで実践者たちは自分の能力を習得し、普通の人々と共存する方法を学びます。梅との偶然の出会いに続き、武史は新たに転換した仲間・磯島くるみと井田一実とともに学院に入学します。三人はそれぞれ戦う動機が異なります――ある者は過去の影から逃げ、他の者は未来の地平を追い求めます。彼らは多様な力を使い、ゴースト・トレーラーと呼ばれる人類を支配するために残忍さを使う魔術師集団と対峙するために磨きをかけなければなりません。トレーラーに追われる中、武史と仲間たちは自らを強化し、集団の首領に立ち向かい、第2次大魔法戦争の勃発を防ぐ必要があります。
