Капитан Тсубаса рассказывает историю молодого ученика начальной школы, чьи мысли и амбиции почти полностью посвящены футболу. Одиннадцатилетний Тсубаса Оозора начал играть в этот вид спорта очень рано; пока его друзья относились к нему как к случайному развлечению, он превратил его в всепоглощающую одержимость. Чтобы преследовать свои мечты на высшем уровне начальной школы, он переезжает с матерью в Нанкацу — город, известный своими первоклассными футбольными командами начальной школы. Хотя в его прежнем городе он был явным выдающимся игроком, пул талантов в Нанкацу намного глубже, заставляя его совершенствовать каждый навык и талант, чтобы выделиться среди новых соперников. По пути он встречает не только соперников, но и союзников, таких как привлекательная Санай Наказава и талантливый вратарь Гендзо Вакабаяши, который разделяет его энтузиазм; эти дружбы становятся важными, когда он стремится к своим целям. Его конечная цель — представлять Японию на чемпионате мира FIFA, мечта, требующая более чем просто сырых навыков.
