Andross, изгнанный примат из системы Лилат по приказу генерала Пеппера, ищет мести, нападая на Корнерию и её невинных жителей, захватывая Пеппера в процессе. Тем временем команда Star Fox проводит ещё один обычный день: бездельничая, выражая недовольство видеоиграми и слушая лекции наставников, пока практикует боевые навыки. Всё меняется, когда приходит сигнал бедствия от знакомого лица.
Представляем Фокса МакКлауда, сына покойного Джеймса МакКлада, который ведёт свою элитную команду — Слиппи Тод, Фалько Ломбард и Пеппи Хэр — к противостоянию механизированным силам Андросса с изяществом, стремясь спасти Корнерию от небес.
