В 1960‑х годах талантливый студент-медик стремится получить признание. Куруо Хазама — тихий молодой человек с ярко выраженными черно‑белыми волосами, телом, покрытым шрамами, и тёмной историей. Хотя он всё ещё студент, его хирургические навыки привлекают внимание после того, как он выполнил операцию, считающуюся невозможной. Вместе с искренним и живым интерном Маико Окамото и Ябу, близким другом, борющимся с личными демонами, Хазама погружается в медицинскую сферу.
Однако путь к становлению уважаемым хирургом осложняется, когда студенческие протесты, война и коррупция охватывают Японию. Хазама вскоре оказывается втянутым в сеть зловещих событий, которые испытывают его моральный компас и амбиции. "Young Black Jack" рассказывает историю человека, способного совершать необыкновенные медицинские чудеса, описывая его путь к становлению легендой под названием "Black Jack".