Ежедневная рутина Кенджи Секи меняется лишь слегка. Каждый рассвет он выгуливает собаку к берегу, надеясь увидеть одноклассницу Кахори Харукава, которая занимается серфингом. После этого он встречается с соседом и детским другом Натсуки Сузуура, и вместе они идут в школу. В итоге он наслаждается идеальной жизнью, где единственная забота — как наконец признаться в своих чувствах Кахори.
Его собака, энергичный терьер по имени Пико, сопровождает его каждый раз, а солёный ветер становится частью его утреннего ритуала.
Монотонность дней Кенджи рушится, когда появляется загадочный переводчик. Рёйчи Кёгоку, утверждающий, что обладает психическими способностями, обладает обаянием и популярностью, которые Кенджи давно желал. Вскоре Кахори начинает развивать чувства к Рёйчи, в то время как Натуки отдаляется каждый раз, когда Кенджи пытается обсудить свои эмоции.
С распадом жизни Кенджи, какое влияние окажет присутствие Рёйчи на окружающих? Nerawareta Gakuen повествует о бывших обычных школьниках, которые становятся вовлечёнными в сверхъестественное.