Макаото Конона учится в старшей школе, но ей трудно решить, какой путь лежит впереди. Пытаясь совмещать требования строгих учителей и проводить время с друзьями, обычная рутина Макаото меняется, когда она случайно осознает, что может прыгать во времени.
Toki wo Kakeru Shoujo следует за Макаото, пока она экспериментирует с этой новой способностью. Новая сила заставляет её столкнуться с тонким балансом между судьбой и свободной волей. Вскоре она понимает, что каждое решение имеет вес и время гораздо более сложное, чем кажется на первый взгляд.