Оставленные жестокими родителями, братья Хасегава Уцуцу и Юме вынуждены полагаться только друг на друга. Их детские воспоминания, порезанные жестокостью, создают яростную связь, которая не позволяет им разорваться. Внезапно в их окружении появляются ярко-красные бабочки, заманивающие их к темной судьбе. Не осознавая опасности, эти алые насекомые предвещают появление смертельного патогена под названием Пупа. Мир вокруг рушится, когда вирус распространяется, превращая знакомые места в зловещие тени.
Когда Юме полностью заражается, она превращается в ужасного монстра, пожирающего плоть; Уцуцу же испытывает лишь частичное изменение, приобретая необычайные способности к исцелению. Решив выполнить обещание, данное много лет назад, Уцуцу готов отдать всё, чтобы навсегда защитить свою любимую сестру.
Пупа повествует о неустанной борьбе преданного брата, спасая Юме и защищая человечество от её неукротимого аппетита.